En un futuro muy lejano, el descubrimiento de una hormona psiónica en el cerebro humano concedió poderes extrasensoriales a las personas y cambió el mundo tal y como se conocía. Mientras la humanidad se acostumbraba a esta nueva era, los Alter, un grupo de mutantes trastornados, comenzaron a descender del cielo hambrientos de cerebros humanos. Su gran resistencia a los métodos de ataque convencionales provocó que fuera necesario adoptar medidas extremas para hacer frente a la amenaza que suponían para la humanidad. Aquellos dotados de grandes capacidades extrasensoriales, los psiónicos, eran la única posibilidad de frenar el exterminio de los cielos. Las Fuerzas de Supresión de Alter (FSA), última línea defensiva de la humanidad, llevan desde entonces reclutando a psiónicos por su talento.

Embárcate en esta aventura y conoce la historia de Yuito Sumeragi, un resuelto recluta procedente de una prestigiosa familia de políticos, o la de Kasane Randall, una misteriosa soldado cuyo poder y talento la han hecho destacar en las FSA. Según sus distintas experiencias se vayan entrelazando, empezarás a desvelar la historia al completo y a desentrañar todos los misterios de un futuro «brain punk» definido por la tecnología y los poderes psíquicos en SCARLET NEXUS.