Un asesinato en territorio del clan Tojo pone en marcha una investigación a cargo de una rama de Tojo formada por Kazuma Kiryu, Masayoshi Tanimura, Shun Akiyama y Taiga Saejima. Sigue a los cuatro protagonistas jugables en una batalla oculta por dinero, poder, estatus y honor, con una misteriosa mujer en el centro de todo. La búsqueda parece llevar a más preguntas que respuestas, con fuerzas clandestinas dispuestas a matar para proteger sus secretos.